Katolikus iskolaközpontunk gyökerei a Miasszonyunk Női Kanonokrendhez nyúlnak vissza, akik 1851-ben Scitovszky János püspök hívására telepedtek meg Pécsen. A nővérek több mint kilencven éven át működtettek leányiskolát, tanítóképzőt és kollégiumot, a fiatalok hitét és tudását egyaránt gazdagítva. Az államosítás évei alatt (1948–50) a rendet feloszlatták, de 1989-ben újraindulhatott működésük, és hamarosan ismét bekapcsolódtak Pécs katolikus oktatásába: 1991-ben óvodát alapítottak Pécsen. 1999-ben megnyithatta kapuit az Árpád-házi Szent Margit Katolikus Általános és Zeneiskola, öt évvel később pedig a Szent Margit Kollégium is. Mater Assumpta rendfőnöknő 2006 ban bekövetkezett halála után azonban a rend feloszlott.

A tagintézményeket a Ciszterci Rend Zirci Kongregációja vette át. A ciszterci rend 1098-ban született meg Franciaországban, Cîteaux mellett, amikor Robert apát és társai az evangéliumhoz hűbb, egyszerűbb szerzetesi életet kerestek. Legnagyobb alakja, Clairvaux-i Szent Bernát a hit tisztaságát, a közösség testvéri erejét és a szorgalmas munkát állította középpontba. A ciszterciek Magyarországon is hamar megtelepedtek: a zirci apátság 1182-ben jött létre, amely ma is a rend központja, és amely intézményünk fenntartója. A ciszterci szellemiség biztosítja intézményünkben a rendet, a közösség erejét és a hitből fakadó nevelést.

Névadónk, Árpád-házi Szent Margit (1242–1270), IV. Béla király leánya, aki egész életét Istennek és mások szolgálatának szentelte. Öröksége az önzetlenség, tisztaság és alázat példája, amely ma is irányt mutat közösségünknek.

Így áll össze történetünk három pillére: a női kanonokrend tanítói hivatása, a ciszterci rend lelki és közösségi értékei, valamint Szent Margit személyes példája. Ezek adják intézményünk küldetését, hogy a ránk bízott gyermekeket tudásban, hitben és emberségben egyaránt gazdagítsuk, Mater Assumpta jelmondatát mindig szem előtt tartva: "Mindenkinek használni, senkinek sem ártani.'